Localizada em local privilegiado do Rio de Janeiro, a sede náutica do Botafogo fica na Lagoa Rodrigo de Freitas, ponto turístico da cidade, na Av. Epitácio Pessoa, 1.561.

É no local que treina a equipe de remo do Botafogo e funciona a escolinha do esporte. A estrutura dispõe de sala de massagem e fisioterapia, sala para a comissão técnica, salão de ginástica com academia e aparelhos de musculação, garagem para 50 barcos de competição, tanque de treinamento para até oito remadores, vestiários masculino e feminino, carpintaria para manutenção dos barcos, além de duas rampas de acesso à lagoa. Os remadores do Botafogo treinam na raia da Lagoa Rodrigo de Freitas.

A estrutura conta também com cinco quartos individuais para atletas e um alojamento comum para até 10 remadores, além de copa e cozinha, uma secretaria e um salão de festas.